Немає єдиної думки щодо моменту історії, що можна було б вважати офіційним днем появи вірусу, як не існувало на зорі розвитку комп'ютерної індустрії і критеріїв, під які можна було б підвести те чи інше ПЗ та відрізнити дослідні експерименти від цілеспрямовано написаної програми з шкідливими функціями. Немає згоди і з приводу походження назви "комп'ютерний вірус". За однією з версій, історична дата - це 10 листопада 1983, коли аспірант Університету Південної Каліфорнії (University of Southern California) Фред Коен (Fred Cohen) під час семінару з безпеки в Пенсільванії показав елемент майбутнього цифрового світу - продемонстрував комп'ютерний вірус. Через чверть століття поширення шкідливого програмного забезпечення набуло загрозливих масштабів, радикально знизити які не представляється можливим.
Коен впровадив написаний ним код в одну з Unix-команд, і протягом п'яти хвилин після запуску її на обчислювальній машині отримав контроль над системою. У чотирьох інших демонстраціях повного доступу вдавалося домогтися за півгодини, залишивши переможеним всі існуючі в той час захисні механізми. Існує версія, що терміном "вірус" назвав копіює саму себе програму науковий керівник аспіранта Льон Алдеман (Len Adleman), що стоїть за буквою "А" в назві криптографічного алгоритму RSA. Втім, Коен безумовно не був новатором в цій області. Теоретичні міркування про що розповсюджуються копіюванням з комп'ютера на комп'ютер програми та практичне їх втілення успішно здійснювалися і до нього. Але саме презентація Коена змусила фахівців серйозно заговорити про потенційний збиток від навмисних атак.
У певному сенсі випередив Коена 15-річний житель Пенсільванії Рік Скрента (Rich Skrenta). Його улюбленим заняттям було подшучіваніе над товаришами шляхом модифікацій коду ігор для Apple II, які призводили до раптового виключення комп'ютерів або виконували інші дії. У 1982 році він написав Elk Cloner - самовідтворюються завантажувальний вірус, що інфікувала Apple II через гнучкий магнітний диск. Під час кожної 50-й перезавантаження ПК з'являлося повідомлення зі словами: "Він заволодіє вашими дисками, він запанує над вашими чіпами. Так, це Cloner! Він прилипне до вас як клей, він впровадив в пам'ять. Відішліть Cloner!" Програма Скрента через відсутність тоді звичного сьогодні терміна не називалася вірусом, так і не вийшла далеко за межі кола його друзів. Лаври дісталися "шедевру" програмістської думки, що з'явився кількома роками пізніше. Brain ( "мозок") створили в 1988 році двоє братів - вихідців з Пакистану, яким приписується інфікування ПК через утворені ними нелегальні копії програми для моніторингу роботи серця. Вірус містив повідомлення про авторські права з іменами і телефонами братів, тому користувачі заражених машин могли звернутися до безпосередньо до вірусописьменниками за "вакциною". За першою версією Brain ішла безліч модифікацій.
1988 року аспірант Корнельського університету (Cornell University) Роберт Теппо Морріс молодший (Robert Tappan Morris Jr.), Доводився сином головному науковому співробітникові Агентства національної безпеки (National Security Agency chief scientist), випустив у світ перший широко поширився комп'ютерний черв'як, хоча експериментальні роботи в цій області велися з кінця 1970-х років. Цей тип програм найчастіше не робить ніяких деструктивних маніпуляцій з файлами користувача і ставить за мету як можна більш швидке і широке поширення, знижуючи ефективність роботи мереж. За деякими оцінками, від 5% до 10% підключених в той час до Мережі машин, здебільшого належали університетам і дослідницьким організаціям, були атаковані ім. Черв'як використовував вразливості кількох програмах, у тому числі Sendmail. Морріс став першим засудженим за звинуваченням у злочинах у комп'ютерній сфері і отримав 3 роки умовно, а зараз є професором Массачусетського технологічного інституту (MIT).
Наступний великий крок шкідливі програми вчинила у 1990-х роках зі зростанням попиту на персональні комп'ютери та кількості користувачів електронної пошти. Електронні комунікації надали набагато більш ефективний шлях інфікування ПК, ніж за допомогою носіїв інформації. Зразком швидкості став вірус Melissa в 1999 році, що впровадили в 250 тис. систем. Однак він був нешкідливий, за винятком того, що кожного разу при збігу часу та дати - наприклад, 5:20 20 травня - на екрані виникала цитата з The Simpsons. Роком пізніше з'явився Love Bug, відомий також як LoveLetter. Вони був написаний філіппінським студентом і приходив в електронному повідомленні з темою "I Love You". Як тільки користувач намагався відкрити вкладення, вірус через Microsoft Outlook пересилав себе за всіма адресами у списку контактів. Потім скачував троянську програму для збору, що цікавить філіппінця інформації. LoveLetter атакував близько 55 млн ПК і заразив від 2,5 млн до 3 млн. Розмір завданих їм збитків оцінювався в $ 10 млрд, але студент уникнув покарання, оскільки Філіппіни не мали в той час законодавчої бази для боротьби з кіберзлочинцями.